(1) Antimicrobiële peptiden van insecten: Insecten vormen de grootste groep organismen, en het aantal antimicrobiële peptiden die ze produceren is enorm. Tot op heden zijn er meer dan 200 soorten antimicrobiële insectenpeptiden geïdentificeerd in acht ordes, waaronder Lepidoptera, Diptera, Coleoptera en Odonata; met name zijn alleen al uit de zijderups (*Bombyx mori*) 40 antimicrobiële peptidegenen geïsoleerd.
(2) Antimicrobiële peptiden van zoogdieren: Het antimicrobiële peptide Cecropin P1 van zoogdieren werd voor het eerst geïsoleerd uit de dunne darm van een varken in 1989. Momenteel zijn ten minste 18 soorten geïsoleerd uit varkens, 30 uit schapen en 30 uit runderen.
(3) Antimicrobiële peptiden voor amfibieën: Amfibieën bezitten een naakte huid die meerdere functies vervult. Hun huidafscheidingen bevatten een breed scala aan bioactieve peptiden met diverse biologische activiteiten; de meeste hiervan vertonen antimicrobiële eigenschappen. Ze vertegenwoordigen een eeuwenoude en effectieve vorm van natuurlijke afweer en worden over het algemeen geclassificeerd als antimicrobiële peptiden.
(4) Antimicrobiële peptiden uit vissen, weekdieren en schaaldieren: Pardaxin, een 35-amino-zuur-residupeptide geïsoleerd uit de Mozestong (*Pardachirus marmoratus*) in 1986, was het eerste antimicrobiële peptide geïsoleerd uit vissen met een amfipatische, kationische -helische structuur die in staat is tot membraanpermeabilisatie. Het functioneert als een ionisch neurotoxine en er is een reeks afgeleide peptiden ontwikkeld die een sterkere antimicrobiële activiteit-en een lagere hemolytische activiteit vertonen dan melittine.
(5) Antimicrobiële peptiden van planten: Planten produceren ook antimicrobiële peptiden die structureel vergelijkbaar zijn met de defensinen die worden aangetroffen in insecten en zoogdieren; deze staan bekend als plantendefensinen. De meeste antimicrobiële peptiden van planten zijn zeer actief tegen plantpathogenen, hoewel sommige ook toxiciteit vertonen voor Gram{2}}positieve en Gram-negatieve bacteriën, schimmels, gisten en zoogdiercellen. Thioninen waren de eerste antimicrobiële peptiden die uit planten werden geïsoleerd.
(6) Bacteriële antimicrobiële peptiden: Ook bekend als bacteriocines. Deze omvatten zowel kationische als neutrale peptiden en worden uitgescheiden door zowel Gram-positieve als Gram-negatieve bacteriën. In bacteriën zijn vier soorten antimicrobiële peptiden geïdentificeerd: bacitracine, gramicidine S, polymyxine E en nisine.
